科研小技巧：从棉拭子提取微生物或宿主DNA

时间：2020-01-05

作者：深圳市安必胜科技有限公司

作者：Suzanne kennedy 来源：美国MoBio实验室

我们的技术团队常常收到一些关于提取口腔棉拭子或其它拭子DNA的咨询。根据一些客户反馈的信息给出下面的建议。其中是否需要珠磨研磨，取决于提取目标是微生物DNA还是人类（或者宿主）细胞DNA。

宿主的真核细胞在含胍裂解缓冲液和蛋白酶K的作用下很容易裂解。不需要使用到机械裂解。而微生物DNA的提取则要机械作用力辅助才能获得理想的得率。因此，根据你的样品类型不同和污染程度，我们给出了几个提取拭子DNA的建议。

提取棉拭子人类（宿主）DNA或容易裂解的细菌：

推荐使用Blood Spin DNA Kit：

1、使用棉拭子反复刮擦口腔内壁（8-10次）。棉拭子可室温下干燥保存运输，直到有处理条件。

2、把拭子浸泡在200μl 10mM Tris，1mM EDTA中。若溶液不能淹没拭子，可把溶液量增加到400μl。

3、在缓冲液中搅动拭子一分钟，释放细胞。

4、可以的话摘下棉拭子头部并留在Tube管里，否则按照步骤6方法处理，接着步骤5继续。

5、加入等体积Blood Spin Kit的B1溶液（400μl TE缓冲液对应400μl B1溶液）和10μl 蛋白酶K。

6、50-60℃消化30min。

7、棉拭子贴壁尽可能挤出水分，然后丢弃。

8、加入等体积（400μl）的**（B2溶液），然后把DNA绑定到两个离心管中，每管600μl。

9、接着试剂盒原说明书继续进行。

人类或细菌细胞：

另一款提取人类细胞或细菌细胞的珠磨研磨试剂盒是UltraClean Tissue and Cells DNA Isolation Kit。此试剂盒使用了大直径的石榴石研磨珠和强力裂解缓冲液。也引入蛋白酶K消化以提高得率。

10、从口腔（方法如上文说描述）或环境采样后，把拭子放入含1mL TD1裂解缓冲液的Tube管中。若你要提取微生物DNA，直接把拭子放入试剂盒提供的Bead Tube中。搅动拭子把细胞释放到缓冲液中。可以的话，摘下拭子的头部一起进行消化处理。

12、棉拭子贴壁尽可能挤出水分，然后丢弃。

13、若提取的是微生物DNA，按照说明书涡旋振荡处理。若提取宿主DNA，此时可直接进行离心柱DNA绑定步骤。

富含PCR抑制因子的样品：

有些客户提取的样品富含PCR抑制因子。比如某些实验室用拭子采集动物或婴儿直肠样品来分析粪便微生物。从环境中直接采样，灰尘等也可能抑制PCR。此时BiOstic Bacteremia DNA Isolation Kit较适合。盒子采用了2ml 研磨管可以容纳整个拭子头，还有专门提取微生物细胞用的0.15mm的石榴石研磨珠。强力的裂解缓冲液和IRT技术可去除所有PCR抑制因子。

14、拭子放入Bead Tube中，加入450μl CB1溶液（试剂盒提供的裂解缓冲液）。

15、在缓冲液中搅动拭子一分钟，释放细胞。

16、可以的话摘下棉拭子头部并留在Tube管里。棉拭子贴壁尽可能挤出水分，然后丢弃。

17、接着说明书继续。难裂解微生物类型，需要在涡旋振荡步骤前70℃水浴15min。

18、按说明书继续。

虽然Bacteremia Kit采用珠磨研磨和强力裂解缓冲液，较适合提取微生物样品，但如果你想提取富含抑制因子的人类DNA（如，采样前未禁食的人的口腔样品），这款盒子也同样适用。

此时，不要使用试剂盒的Bead Beating Tube，把拭子放入一个装有450μl CB1裂解缓冲液的标准微型离心管中浸泡。数分钟后挤出拭子水分，丢弃拭子。水浴加热裂解细胞，可加入10μl 蛋白酶K进行消化。接着加入用于去除抑制因子CB2溶液，继续下面步骤。

根据样品来源和目标细胞类型，我们有许多方法提取拭子DNA。如果你有任何疑问，或有些不同寻常的样品需要特别的建议，请随时联系我们。

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