粪便样品的保存与运输

时间：2014-08-21

来源：深圳市安必胜科技有限公司 转载请注明出处

MOBIO较近新发布了产品，PowerMicrobiome RNA Kit 和PowerMag Microbiome RNA/DNA Isolation Kit，随之而来有非常多关于粪便DNA和RNA提取方面的咨询。其中较常问到的是，粪便样品在进一步处理前应如何储藏运输。

我询问了人类粪便/肠内容物方面的*Dr. Rob Knight。Dr. Knight的实验室在American Gut Project中扮演了重要角色，它接收着来自美国各地寄来的粪便样品。

Rob谈及他在2010年发布的一篇文章，关于不同温度条件下储存的粪便样品微生物群落的结构和变化（1）。他的实验表明，在长达两周室温下保存的粪便样品中的微生物群落结构保持完好，只有较小的变化。因此，室温或使用普通冰袋运输粪便样品都是可以的。

从微生态学角度解释这个现象。不同个体的粪便是由占不同百分比的胆汁、胆红素、亚铁血红素和消化了的食物组成的复杂环境。保护微生物所处原生环境是维持微生物处于静止状态的较好方法。加入含高浓度盐的防腐剂在变性蛋白的同时也会杀死部分微生物（若你经常进食快餐和速冻披萨，那你的微生物可能比较适应防腐剂中添加的盐）。加入变性化学试剂较大改变所处微生态环境，防腐剂作用下仍能存活下来的微生物，在长时间的保存过程中也会不可避免地发生变化。为保护粪便样品DNA和RNA所采取的防护措施，必须以细胞不破裂，维持微生物多样性为前提。

反复冻融对微生物是有害的，解冻过程中冰晶体会促使细胞破裂。所以，避免样品反复冻融可减少不稳定菌种的损失。对于RNA提取，反复冻融的危害更不用说。

对于RNA

粪便RNA提取呢？需要用到一些特殊的技巧。我们在实验室提取粪便RNA过程中发现了这样一些问题。**，粪便中充满死细胞，宿主的和微生物的。大量降解的RNA在电泳或生物分析仪中对提取的RNA造成严重的背景干扰。若RNA离心柱绑定吸附过程中使用的由原来的**换用70%，离心柱回收过程可以除去低分子量的RNA。当然，如果你对microRNAs也感兴趣，这个步骤还是可以继续使用**酒精。

另一个重要因素是影响粪便容积和重量的粪便中未消化食物的数量和种类，直接减少实际进入处理的微生物细胞数量。我们有客户已经研发出了RNA提取前去除粪便样品中未消食物的方法，可大大提高回收的完整RNA得率。如果你感兴趣，请联系我们。

最后，提取过程中尽快加入稳定剂是获得高质量RNA的关键。有两种稳定剂你可加入到裂解缓冲液中。一是较常用的β巯基（BME）。β巯基是种强力还原剂，RNase有二键。还原剂破坏酶的空间结构致使灭活。BME可不可逆地破坏RNase，但其难闻的气味着实令人难受，不过至少可以拒推销人员于门外，免得他们打扰你的实验……

另一个选择是加入pH7-8（PCI）。只要加入100μl就可灭活核酸酶，起稳定作用。加样前先把稳定剂加入到裂解缓冲液中，样品可快速得到保护，避免进一步降解。尤其是刚从冰箱中取出的样品。若要给整块96孔板加粪便样品，处理时间至少一个小时，快速加入保护剂尤其重要。

对于已经加入RNALater作为保护剂的粪便样品，经过我们RNA和DNA提取的测试证明，它是有效的。但这类样品加样量要控制在100mg。RNALater中的盐与粪便成分相互作用形成沉淀。加入太多样品容易造成硅胶滤膜堵塞，大大影响回收率。

这是目前我们对粪便样品的了解，感谢与我们一起参与此计划的众多合作者。随着我们对这种*特而重要样品认知的增加，相信会有更多粪便研究技术会被开发出来。若你有任何建议或问题，请随时与我们联系！

· 1. Effect of storage conditions on the assessment of bacterial community structure in soil and human-associated samples. FEMS Microbiol Lett. 2010 June; 307(1): 80–86. Christian L. Lauber, Nicholas Zhou, Jeffrey I. Gordon, Rob Knight, Noah Fierer

词条
词条说明
丝状真菌丛枝菌
来源：深圳市安必胜科技有限公司转载请注明出处 MOBIO的技术团队参加了芝加哥举行的*四届阿尔贡土壤宏基因组学会议，其中较热的话题就是丝状真菌。技术部的热线响个不停，来电有许多咨询如何提取丝状真菌DNA和RNA，貌似全宇宙都在关心丝状真菌。所以很值得在技术文章里头占一篇只之地。真菌是种很有趣的微生物。有哪个物种的大小既能是一个细胞，也能长到迄今为止已知地球上较大的生物体，足足占地4平方英里（
研磨珠的选择
来源：深圳市安必胜科技有限公司转载请注明出处【字号：大中小】当提到从各种样品中提取DNA或RNA，较快速彻底的样品处理办法就要数研磨珠高速击打破碎。无论研磨均质微生物、老鼠组织、植物种子或叶子，还是各种土壤，使用研磨珠都能有效打破细胞壁和细胞膜，释放出DNA、RNA，供下游提取纯化。目前市场上有大量各种类型研磨珠供选择，使用者往往无从下手。本文总结归纳了在MoBio实验室使用的各种研磨
探索地下微生物世界：寻找新的抗生素
作者：Suzanne kennedy 来源：美国MoBio实验室这个月我们采访了明尼苏达州州立大学药物设计中心副教授Dr. Christine Salomon。 Dr. Salomon专注于化学与微生物生态学交叉领域，寻找具有长远开发应用潜力的新发现代谢产物。当花费大量经历研究地球表面生物，我们对地底下的生物世界却知之甚少。Dr. Salomon调查研究了位于明尼苏达州北边的苏丹矿山深入地下半
修改说明书使用MOBIO试剂盒提取新鲜组织或FFPE样品的microRNA
来源：深圳市安必胜科技有限公司转载请注明出处【2013-06-21】我们从之前的文章中已经知道了如何使用我们的离心柱型试剂盒快速简便地从组织中提取RNA 。但我们还是经常被问到组织样品microRNA（miRNA）的提取。MicroRNAs是长度约为22个核苷酸的小分子RNA，通过结合到mRNA 3'端非编码区，通常在蛋白翻译水平上抑制基因表达。在基因表达调整上起重要作用。每个miRNA可