Geneious Prime分子生物学和序列分析软件

时间：2022-09-01

作者：北京天演融智软件有限公司

解锁序列数据的值，Geneious Prime通过将原始数据可视化，使序列分析直观且友好，从而使生物信息学变得通俗易懂。

Sanger测序分析

简单的序列组装和轻松编辑重叠序列。基因预测、基序、翻译和变异调用的自动注释。基因型微卫星跟踪自动阶梯拟合和峰值调用，并生成等位基因表。

下一代测序分析

在高度可定制的序列视图中显示带注释的基因组和组装的精美可视化视图。强大的SNP变异分析、简单的 RNA-Seq 表达分析和扩增子宏基因组学。

分子生物学

一个步骤模拟分子克隆，包括 Gateway、Golden Gate 和 In-Fusion 克隆。设计和测试PCR和测序引物，并创建自己的可搜索引物数据库。功能强大的CRISPR工具可以轻松找到网站、设计向导RNAs和分析编辑结果。

NGS预处理、组装和映射

使用广泛的NGS预处理工具进行准确的下游分析，并生成清晰的序列数据。可靠的参考图谱，*有的图谱算法和灵活的从头基因组组装，以及可用于比较和整理的比对工具。

比对和系统发育

使用可靠的算法，包括MAFFT和Clustal Omega，执行DNA或蛋白质的成对和多重比对。使用**评审的算法（包括RAxML和PAUP*）构建系统发育树，并调整显示设置。

NCBI 和 BLAST

在NCBI的所有关键数据库中快速搜索文献、DNA和蛋白质序列信息。直接向GenBank提交序列。对 NCBI 数据库中的序列进行 BLAST 搜索或建立本地数据库并在本地进行 BLAST搜索。

给予科学研究强大的支撑

数据管理

通过直观的基于文件夹的管理和无缝集成的共享数据库，提高流程效率并改进协作。简单的拖放操作，用于导入和导出大量常见文件格式，包括GenBank、SnapGene和FASTQ。

用户自定义

通过我们的插件集合扩展Geneious Prime的功能，这些插件可用于组装、对齐、系统发育等。与现有系统集成，并使用高度互操作的API添加您自己的自定义算法。

使用我们可用于组装、对齐、系统发育等的插件来集合并扩展 Geneious Prime 的功能。通过与现有系统集成，并使用高度互动操作的 API 来添加您自己的自定义算法。

自动化

创建自己的自动化工作流或使用内置工作流来提高效率并减少人为错误。自动化外部数据库搜索，以连续接收有关基因组、序列和蛋白质结构的较新信息。

创新

关注并寻找新的方法来更快、更有效地完成科学研究。研发团队全年不间断地工作，以确保Geneious Prime运行良好，并且总有新版本即将发布。

Geneious Prime 满足您的各种功能需求

Geneious Prime中提供一系列全面的分子生物学和序列分析工具。

NGS预处理

·导入 Illumina、PacBio 和 NanoPore 读数

·对单端和双端数据进行微调、滤波和解复用

·合并配对读数

·消除重复数据

·纠正错误和规范化

·滤除嵌合体

映射和从头组装

·在业界良好的映射和从头组装算法之间轻松切换

·支持Sanger和NGS数据的组装，包括任意长度的Illumina、PacBio和Oxford Nanopore读取，包括配对末端读取和混合组装

·组装微生物基因组、质粒和其他环状序列时产生环状重叠

·基因组比较和MAUVE基因组比对

·映射程序包括Geneious、Geneious for RNA Seq、BBMap、Minimap2、Bowtie2和TopHat

·从头组装算法，包括Geneious、SPAdes、Flye、MIRA、Tadpole和Velvet

识别变体和表达分析

·使用Geneious或FreeBayes识别单核苷酸多态性/变体

·通过同步基因组视图实时过滤表格结果

·计算并比较映射RNA-seq数据的表达水平

·使用主成分分析和火山图可视化

序列分析

·修剪、组装和查看Sanger测序跟踪文件

·更正基本识别信息并创建共识序列

·注释主题、ORF和重写

·预测基因和结构元素

·基于数据库相似度搜索的实时标注

·动态翻译选择，或显示注释或选定帧的翻译

·序列属性的动态图和统计数据，如pI、分子量、熔点、AA成分等

序列比对

·DNA或蛋白质的多重和成对序列比对，包括全基因组比对

·使用可靠的算法，包括Geneious Aligner、MUSCLE、MAFFT、Clustal Omega、MAUVE和LastZ

·通过实时平移和高亮显示查看和编辑路线

系统发育学

·使用Geneious tree builder、MrBayes、PAUP*、PhyML、RAxML等构建树

·可视化、编辑和标记树

·交互式距离矩阵查看器

·出版物质量输出

微卫星分析

·导入原始ABI跟踪文件

·微调、预测和手动调整峰值

·Bin峰值为等位基因

·输出生成识别等位基因的表格

分子克隆

·查看质粒图谱，自动注释载体，并用注释复制粘贴序列

·一步完成GoldenGate（IIS型）和限制性克隆

·基于同源性的克隆，包括Gibson、GeneArt和In-Fusion

·TOPO克隆

·克隆操作的父/后代血统跟踪

·密码子优化和反译

·静默突变分析，以找到潜在的限制位点来引入

·CRISPR gDNA设计

·模拟PCR、消化和连接

引物设计

·自动设计PCR和测序引物以及杂交探针，以检测任何靶区或整个序列

·在序列视图中轻松添加引物

·设计简单的和简并PCR引物

·在设计引物之前、期间或之后，添加和删除扩展的序列

·引物特异性测试，以检查模板序列上的其他结合位点

数据管理和协作

·拖放导入文件和文件夹，包括矢量NTI数据库

·将元数据从电子表格导入到序列和其他文档

·智能NGS导入功能–一步导入任何类型的SAM、BAM、GFF、BED和VCF文件

·直观的基于文件夹的项目组织

·无缝集成的共享数据库

·快速搜索数据库中的所有序列和元数据

·广泛的导出选项

搜索和BLAST

·直接访问NCBI公共BLAST数据库

·**本地数据库的自定义BLAST

·集成搜索外部数据库，包括GenBank和UniProt

·直接将序列上传到GenBank

·在PubMed中搜索文献

·针对本地或共享数据库的高级搜索

自动化工作流

·使用可视化编辑器创建用于自动批量分析的工作流

·用于执行通道的20多个内置工作流，包括将变体应用于参考序列、地图读取、然后查找SNP和随机采样序列

·通过编写自定义代码工作流来扩展功能

API和开发者

• 使用插件开发工具包添加**功能或与其他系统集成

• 添加您较喜欢的算法、数据库或可视化

• 包装一个命令行程序以通过Geneious Prime GUI运行

系统需求

Windows:

Windows 7, 8, 8.1, 10 and 11.

Note that 32-bit Windows is not supported for Geneious Prime 2020 and above.

Note: These plugins are not supported on Windows: TopHat, Velvet Optimiser

Note: Use of Spades and the Flye plugin requires Windows 10 with Windows subsystem for Linux installed.

Linux:

Geneious R10 and higher: Ubuntu Desktop LTS (18.04 and 20.04).

Geneious R9 and earlier: Ubuntu Desktop LTS 16.04

Note that 32-bit linux is not supported for Geneious R10 and above.

MacOS:

Supported Apple operating systems vary depending on the version of Geneious you are running, as follows:

Geneious Prime 2020-2022: MacOS 10.11 and higher.

Geneious Prime 2019: MacOS 10.8 - 10.15*

Geneious R10 and R11: MacOS 10.8 - 10.14

Geneious R9: MacOS 10.6 - 10.14. Users on OS 10.6 will need to install Java 6

Geneious 5.5-8.1: Mac OS 10.6 - 10.11, requires installation of Java 6

*Only Geneious Prime 2019.2.3. onwards is fully compatible with MacOS Catalina and above.

北京天演融智软件有限公司（科学软件网）是Geneious软件在中国的授权经销商，为中国的PSCAD/EMTDC软件用户提供优质的软件销售和培训服务。

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