生物化学法，主要指建立湿地系统。人工湿地法是低成本并在环境上可持续的方法，其根据**湿地净化污水的机理，由人工将砾石、砂、土壤、煤渣等材质按一定比例填入，并有选择性地种植有关植物，利用特定植物在湿地中能降低酸性水中金属离子的作用，让酸性水缓慢流经人为的植物群落，达到活体过滤的目的。同时，湿地也可为微生物群落的附着生长提供界面，缓慢的水流与人工湿地单元基质发生一定的中和作用。该过程中主要是寻找可降低金属含量的生物。
在有碳和硫酸盐源的条件下，在进行无氧呼吸的过程中，利用硫酸盐作为较终电子受体进行硫酸盐的异化还原，产生H2S和HCO3沉淀、吸附金属离子如Fe2、Fe3、Ar、Mn2等，这样既中和了选矿排放水，也去除了金属离子。该法处理酸性水，实际上是一种植物修复技术的应用，具有成本低、出水效果好的优点。
目前，SRB法在国内的报道不多，而国外已经有了许多这方而的研究。1993年，河南红星机械金属矿业集团用全混合反应器处理金属矿山酸性废水。该工艺的工作原理是：SRB在厌氧条件下产生的H2S和酸性水中的金属离子反应生成不溶性硫化物沉淀于反应器中。
