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版本升级 | DNASTAR Lasergene 18序列分析软件

时间：2024-12-03

作者：北京天演融智软件有限公司

dnastar2024。12.2知乎

DNAStar Lasergene 18已正式发布，该版本带来了重要的新功能和功能改进，包括对GenVision Pro的重大更新，GenVision Pro是我们用于跨多个样本可视化和分析基因组数据的应用程序。

Lasergene 18的新功能包括：

• 定相变异分析

• 样本间的变体比较

• 基因集富集分析（GSEA）

• 自定义本地数据库中的搜索序列

• 金门克隆

• 用IQ树构建系统发育树

定相变异分析

Lasergene Genomics现在包括一个二倍体相位算法，可以用于分析与完整的人类基因组一样大的长读数据集。

• 只需选择新的变异检测选项即可开始SeqMan NGen中的分阶段单倍型工作流程。

• 在GenVision Pro的新基因组视图中查看整个基因组组装后的定相/非定相区域。

• 使用GenVision Pro中的多个新轨道和选项，可视化和分析分相对齐读取，分相块，分相一致性和分相变体。

• 导出分相共识块以获得感兴趣基因的母本和父本单倍体序列。

多个实验中的变体比较

GenVision Pro现在能够全面比较多个实验的变体。

• 将SeqMan NGen程序集、BAM和/或VCF文件导入GenVision Pro。

• 基于维恩图、单个或多个基线对照、配对样本（例如，正常与**）、包含变体的样本或配对的较小百分比以及许多其他选项过滤变体。保存过滤器或将其设置为未来项目的默认过滤器。

• 查看在SeqMan NGen中组装的人类样本的变体注释数据库信息。

• 创建变量集，并将其与维恩图、并集、交集或包含每个变体的集合的较小百分比进行比较。

• 将变体和变体集导出为CSV或以制表符分隔的文本文件。

基因集富集分析（GSEA）

GSEA是针对RNA-Seq差异表达工作流程的一个专门版本，重点关注具有某些共性（例如调控、染色体位置或生物功能）的基因组。

• 当满足DESEQ2或EdgeR分析的标准时，可在SeqMan NGen中访问GSEA计算方法。

• 了解一组预定义的基因是否显示两种生物状态（例如表型）之间存在统计显着差异。

• 可选择31种人类，19种小鼠，C. elegans和酵母分析选项中的任何一种。

• 查看专门气泡图中的输出，其中列出了所选分析集中也存在差异表达的基因，以及显示上调和下调基因集的聚类图。

自定义本地数据库中的搜索序列

GenVision Pro、Protean 3D、SeqMan Ultra和MegAlign Pro现在都提供了为本地BLAST搜索创建安全的本地序列数据库的能力。

• 上传本地文件或从NCBI导入序列，有**过30个数据库可供用户选择。

• 支持使用本地数据库管理器合并、展开、重命名和/或删除本地数据库。

• 本地搜索比在线搜索快5-25倍。

金门克隆

SeqBuilder Pro现在支持金门虚拟克隆，精确和无痕克隆。

• 使用一个简单的向导设置克隆，该向导可以检测可能的故障并提供有用的反馈。

• 查看克隆的所有组件的特性。

• 轻松去除不需要的限制位点（domestication）。

用IQ树构建系统发育树

MegAlign Pro现在包括IQ树算法，用于构建系统发育树。这种广泛使用的较大似然方法具有快速、准确和支持自助法的特点。

• 从4种可用的系统发育计算方法中选择IQ-Tree。

• 生成和比较由不同方法创建的多个树。

• 自定义和导出您的系统发育树以供发布或协作。

如果您的DANStar许可在有效期内，即可更新到较新版本。如果想体验DNAStar较新版本的功能，欢迎联系科学软件网申请试用。

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词条说明
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