NGS在病原微生物检测的中的应用
1、感染性疾病病原体的鉴定
传统的检测方法主要有涂片镜检,生化反应和*学检测等等,但存在周期长、过程复杂以及灵敏度低等特点。PCR技术的出现部分解决了上述的问题,但是难以解决未知微生物检测的难题。而NGS检测*对病原体进行分离培养,也不依赖于已知的核酸序列设计引物等,可直接对标本进行测序鉴别,大大缩减建库时间,提高诊断效率,尤其在未知病原微生物检测方面有**的优势。
目前NGS在病原微生物鉴定方面主要有两种形式:rRNA多样性测序和全基因组测序,前者偏向细菌、真菌的鉴定以及菌群分析,后者获取的信息更为全面,一般偏重病毒鉴定。
2、病原体耐药及毒力特征检测
在当前的抗生素不规范使用以及宿主*等重重压力下,病原体势必在毒性以及耐药方面有进化。这种高毒性的以及高耐药性的菌株往往是导致感染性疾病发病率、死亡率居高不下的重要原因。
临床上耐药性及毒性检测方法主要是体外药物敏感性试验、耐药菌表型检测等方法。这些方法操作繁琐,且较费时、费力。NGS技术通量高、快速,在一次测序反应中即可获得细菌整个基因组的耐药、毒力等相关基因信息,有助于揭示病原体毒力及耐药机制,对临床**及指导用药均具有重要意义。
3、病原体分型及流行溯源
目前病原体分型方法主要有多位点序列分型、脉冲场凝胶电泳、多位点串联重复序列分析技术等。这些技术可检测病原体的型别,但分辨率较低,对于相似或变异度较高的病原体如病毒等则难以区别。而 NGS则弥补了此项缺陷,通过检测病原体全基因组序列,获得全部遗传信息,被认为是分辨率较高的病原体分型方法。
近年来抗生素的不规范使用甚至滥用,使细菌耐药情况日益**,耐药菌株在医院内的暴发时有发生。NGS技术在对耐药菌等病原体进行分型的基础上,可以判断同源性远近,分辨不同的进化路线,成为追踪病原体不可或缺的重要手段。
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词条
词条说明
病毒检测的那些事儿病毒是一种古老的、原始的微生物,关于病毒的起源曾有种种推测:可能类似于较原始的生命;可能是细菌退化而来;甚至可能来源于陨石或彗星等“不速之客”。虽然病毒在生物进化中地位并未确定,但是病毒一旦产生以后,也同其他生物一样,能够通过变异和自然选择而不断演化和进化。病毒的构成只有一个蛋白质外壳内部包裹着DNA或RNA形成的一段序列,简约的结构却并不简单。病毒是一种靠寄生在细胞内部才能存活
病原微生物是什么引起感染的微生物除了我们经常听到的细菌和病毒以外,还有真菌、支原体、衣原体、寄生虫、朊粒等,有些名字很多人可能都没有听说过。微生物结构简单,多为单细胞,甚至没有细胞结构,需要借助显微镜甚至电子显微镜才能看见它们。自然界中微生物种类**过10万,大部分对人和动植物有益。如空气中的氮气靠微生物作用才能被植物吸收,水中的废物要靠微生物分解转化,鱼儿才能生存。在农业、食品、制药、纺织、石油、
消毒产品病毒杀灭效果检测主要是通过选用具有一定代表性的、活的病毒以及其他细胞感染技术,通过各种方式验证消毒产品的杀菌因子对病毒的消灭效果的过程。通过病毒灭活试验,可以对消毒杀菌因子灭活病毒的能力起到重要的论证作用。检测在对消毒产品开展病毒杀灭效果检测工作时,会根据产品实际情况进行病毒灭活分析,病毒灭活效果验证,能够针对以下病毒进行杀灭效果检测:脊髓灰质炎病毒杀灭试验手足口病毒(EV71)杀灭试验肠
NGS在病原微生物检测的中的应用1、感染性疾病病原体的鉴定传统的检测方法主要有涂片镜检,生化反应和*学检测等等,但存在周期长、过程复杂以及灵敏度低等特点。PCR技术的出现部分解决了上述的问题,但是难以解决未知微生物检测的难题。而NGS检测*对病原体进行分离培养,也不依赖于已知的核酸序列设计引物等,可直接对标本进行测序鉴别,大大缩减建库时间,提高诊断效率,尤其在未知病原微生物检测方面有**的
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